参见：东京15区和东京市
江户时代，东京还称为江户时划定了“朱引（日语：朱引）”线，朱引以内的区域等同于行政上的市区。1869年（明治2年）东京府成立后，以皇居为中心划定新的朱引界线，将朱引以内的区域划定为“市街地”、以外则称为“乡村地”[1]；同年3月16日，将朱引以内区域划分为50区，1871年（明治4年）6月再重划为44区（朱引内四十四区制）[1]。
1878年（明治11年），日本政府制定《郡区町村编制法（日语：郡区町村編制法）》，依据该法，东京府内以皇居（当时称为“宫城”）为中心的市中心地区划分为麹町区、神田区、日本桥区等15区。1889年（明治22年）于15区施行市制而成为东京市，隶属于东京府之下。明治时代，明治通内侧为东京市，外侧为南丰岛郡涩谷村（日语：渋谷村）等町村。当时的东京市大致上包括了今日千代田区、中央区、港区、文京区、台东区全域，与部份新宿区、墨田区、江东区的范围。
1932年（昭和7年），周边82町村被编入，因此原有的15个区加上重新划分的20个区，成为35区。今日的东京都区部之疆界，大致上就是与当初的东京市35区相同。1943年（昭和18年）东京都制（日语：東京都制）施行，东京府与东京市遂整合为东京都。
1947年（昭和22年），在驻日盟军总司令部（GHQ）的指导下，东京都的35个区先在3月15日整并成22个。接著同年5月3日《地方自治法》施行后改制为特别区，其自治地位一并予以提升。同年8月1日，练马区自板桥区独立设区，形成现在的东京23区。